På grund av sitt specifika geografiska läge, beläget mellan ett par biogeografiska regioner, är Kroatien ett område med en mångfald av biotoper på fastlandet, vid kusten och under jorden. Med 8 nationalparker och 11 naturparker, varav några av parkerna, t ex Kopački Rit i närheten av Osijek, Lonjsko polje i Posavina, Vransk jezero i närheten av orten Pakoštan, väskötta zoologiska och botaniska reservat som står under tillsyn, är Kroatien rikt på fridlysta djurarter. Till exempel har brunbjörnar i Kutarevo, delfiner i vattnen krig Kvarner, Medelhavsbjörn i Bjeloglavi sup på ön Cres klippor, de vita storkarna i byn Čigoč i Posavina samt hjordarna av vilda hästar i nämnda områden hittat sin sista fristad i Europa.