Vanwege de specifieke geografische ligging tussen verschillende biogeografische regio's, is Kroatië een land met een bovengemiddelde verscheidenheid aan land-, zee-, en ondergrondse leefgebieden. Er zijn 8 nationale parken en 11 natuurparken, zoals Kopački Rit bij Osijek, de Lonjsko vallei in Posavina, het Vranameer bij Pakoštane en goed bewaard gebleven en beschermde zoölogische en botanische reservaten. Hierdoor heeft Kroatië een enorme rijkdom aan beschermde diersoorten waarvan sommige hier hun laatste Europese toevluchtsoord vinden, zoals de bruine beer in Kutarevo, de dolfijn en de mediterrane zeekoe in Kvarner, kuddes wilde paarden, de vale gier op de rotsen van Cres of de witte ooievaars in het dorp Čigoš in Posavina.