Horvátország több különböző földrajzi régió határán helyezkedik el, így sajátos elhelyezkedése miatt számos különféle szárazföldi, tengeri és föld alatti élőhely található ezen a területen. Horvátországban 8 nemzeti park és 11 természeti park található, ahol egyes területeken, mint az Eszék melletti Kopácsi-rét, a Szávamentén elterülő Lonjsko Polje, a Pakoštane melletti Vransko jezero, és a sok-sok gondosan ápolt és felügyelt állat- és növénytani rezervátum, rendkívül sok védett faj található. Ezek közül néhányan, mint a kutarevói barnamedve, a Kvarner-öbölnél élő delfin és földközi-tengeri medve, a Cres szigetén lévő sziklaszirteken fészkelő fehérfejű keselyű, vagy a szávamenti Čigoč faluban élő fehér gólyák vadlovak, kizárólag itt fordulnak elő vadon egész Európában.