På grund af den særlige geografiske beliggenhed, på grænsen mellem flere biogeografiske regioner, er Kroatien et område med en mangfoldighed af land-, hav-, og underjordiske bosteder for plante- og dyrearter hvis antal ligger over gennemsnittet. Landet har 8 nationalparker og 11 naturparker; eksempelvis Kopački Rit ved byen Osijek, Lonjsko Polje i Posavina regionen, søen Vransko Jezero nær byen Pakoštane, og alle er velholdte zoologiske og botaniske reservater, der holdes under konstant opsyn. Kroatien har ligeledes mange fredede dyrearter, hvoraf nogle er: den brune bjørn i Kutarevo, delfinen og middelhavssælen i området omkring Kvarner bugten, den specielle hvidhovede grib på øen Cres´ ufremkommelige bjergklipper, de hvide storke i Posavinas landsby, Čigoč, samt flokke af vilde heste i Posavina. Her finder disse dyr Europas sidste fristeder.