Hvad enten det drejer sig om en spændende flod eller et noget mere fredeligt kajakeventyr på havet, så har Kroatien et stort potentiale også på dette område. På trods af, at flodernes høje vandstand om foråret er mere velegnet til de erfarne sejlere, mens den noget lavere vandstand om sommeren anbefales til begyndere, har næsten alle floder forskellige sværhedsgrader. Med kajak kan man opleve uopdagede scenerier på floderne Dobra, Mrežnica, Una, Kupa, Korana oppe nordpå og helt ned til Cetina eller Zrmanja sydpå, som ligger midt i nationalparker.