Store dele af Kroatiens undergrund indeholder kalk, hvorfor området er rigt på huler. Den mest berømte og fortryllende er Den blå Hule (Modra spilja) på øen Biševo og Dragehulen (Zmajeva spilja) på øen Brač. Papuk bjergets huler, samt dem i regionerne Kordun, Lika, Dalmatien og Zagorje er åbne for besøgende uden erfaring, som ønsker at opleve forskellige former for stalaktitter og stalagmitter. De mest spændende huler ligger i Istrien, Gorski kotar og på bjerget Medvednica, men for ægte elskere af undergrunden anbefales Veternica nær Zagreb, Cerovačke spilje (Cerovac huler) nær byen Gračac og Lukina jama (Luka’s hule) i bjergmassivet Velebit.